Matthijs Koene (1977) sloot in 2001 zijn studie Cum Laude af aan het Conservatorium van Amsterdam. Matthijs studeerde bij de panfluitisten Nicolae Pîrvu en Michel Tirabosco, de fluitist Harrie Starreveld en blokfluitist Walter van Hauwe. Daan Manneke, docent hoofdvak compositie aan het Conservatorium van Amsterdam, was zijn coach.

Naast Verso (duo met gitarist Stefan Gerritsen) maakt Matthijs deel uit van ensemble Ziggurat van Theo Loevendie. Deze groep bestaat uit de bijzondere combinatie van panfluit, duduk, basblokfluit, erhu, qanun, contrabas, gamba, slagwerk en mezzo sopraan. Het Ziggurat maakte diverse tournees door Nederland, maar ook in Rusland, Finland en Engeland. Ook speelde de groep voor Koningin Beatrix in het Paleis in Amsterdam. Behalve oprichter en huiscompnist Theo Loevendie schrijven vele andere componisten voor de groep, zoals bijvoorbeeld Fabio Nieder en Guus Janssen. Ieder jaar werkt het ensemble een week intensief samen met een speciaal geselecteerd aantal jonge componisten aan werk voor deze bijzondere bezetting, welke composities vervolgens worden uitgevoerd in de Gaudeamus-week.
Naast een cd opname met Loevendie’s werk, staan tournees gepland door Mexico, Rusland en Singapore.

Eveneens werkt Matthijs nauw samen met de organist Jos van der Kooy. Hun repertoire omvat werk uit de renaissance tot en met de nieuwste muziek. Een van hun huidige projecten is het uitvoeren van de fluitsonates van J.S. Bach in o.a. de erediensten in de Westerkerk te Amsterdam.

Samen met de Nederlandse componist André Douw werkt Matthijs aan de realisatie van een cd met diens werk voor panfluit. De panfluit zal op deze cd te horen zijn in composities voor variërende bezettingen: Sopraan (Valérie Guillorit), Slagwerk (Enrique Monfort-Barbera), Cello (Anne Magda de Geus) Orgel (Gijs Boelen) en Panfluiten (Studenten van het Conservatorium van Amsterdam).

Matthijs werkte samen met diverse ensembles voor nieuwe muziek zoals het Ictus ensemble te Brussel, die Musikfabriek te Keulen, het Vocaal Laboratorium te Amsterdam en het Ensemble Prime te Groningen. Als solist speelde Matthijs met het Promenade orkest het fluitconcert op. 10 no. 2 van Vivaldi en het Randstedelijk begeleidingsorkest het fluitconcert KV 313 van Mozart. Beide werken werden onder andre in de grote zaal van het Concertgebouw te Amsterdam uitgevoerd.

Sinds september 2005 is Matthijs verbonden aan het Conservatorium van Amsterdam als hoofdvakdocent panfluit. De opleiding heeft als doel de traditie van het instrument te plaatsen in de verdere ontwikkeling van de panfluit, door middel van uitvoeren van eigentijdse muziek.