Jan Jansen groeide op in een muzikaal gezin, op jeugdige leeftijd bespeelde hij verscheidene muziekinstrumenten zoals blokfluit, klarinet, hobo en orgel.Verder maakte hij als zanger deel uit van de muziekgroep ‘ De Nederlandse Cantorij’o.l.v. Maarten Kooij . Hij studeerde aan het Utrechts Conservatorium orgel bij Cor Kee, piano bij Gérard van Blerk en klavecimbel bij Lenie van der Lee.

In 1970 behaalde hij de Prix d'Excellence voor orgel. Hij was gedurende zestien jaar cantor-organist van de Oude Kerk in Soest en sinds 1987 is hij organist van de Domkerk te Utrecht, waar hij naast de drukke liturgische praktijk mede de landelijk welbekende Zaterdagmiddagmuziek verzorgt, samen met de Domcantorij onder leiding van . Remco de Graas.

Jan Jansen maakte een groot aantal CD-opnamen, waaronder een integrale opname van de orgelwerken van Felix Mendelssohn Bartholdy, een CD met werken van César Franck, onder meer de ‘Trois Chorals’.Van Johann Sebastian Bach nam hij de koraalpartita's, de Grote Orgelmis, de Goldbergvariaties en (samen met zijn zoon David) Die Kunst der Fuge op. Een onlangs uitgekomen CD bevat werken van Brahms, Liszt en Reger.

Voorts is hij een veelgevraagd continuo-speler en speelde in deze hoedanigheid op de bekroonde CD van zijn dochter Janine met Vivaldi’s Vier Jaargetijden (samen met zijn zoon Maarten, cello).

Als koorrepetitor en docent algemeen theoretische vakken was hij werkzaam aan de Hogeschool voor de Kunsten te Utrecht.